Dava konusu Yönetmeliğin 5. maddesi ile Korunan Alanların Tespit, Tescil Ve Onayına İlişkin Usul ve Esaslara Dair Yönetmelik’in 8. maddesinin ikinci fıkrası değiştirilmiştir. Dava konusu değişiklikle Yönetmeliğin 8. maddesinin ikinci fıkrası; “Nitelikli doğal koruma alanları; entegre tesisler ve örtü altı tarım hariç tarım uygulamaları, tıbbi ve aromatik bitki uygulamaları, hayvancılık, balıkçı barınağı, iskele, doğal kaynak suyu kullanımına yönelik uygulamalar, içme suyu amaçlı baraj ve göletler, doğal göl ve denizler hariç kültür balıkçılığı faaliyetleri, zorunlu teknik altyapı uygulamaları ve alanın doğal yapısıyla uyumlu, beton, asfalt gibi malzemelerin kullanılmadığı çadırlı kamp, karavan ve günübirlik faaliyetlerin yapılabildiği alanlardır. Alanın ve doğal özelliklerin devamlılığı için halkın bu alanlara erişiminin uygun seviye ve şekilde tutulması esastır.” şeklinde değiştirilmiştir. 

Değişiklikten önce nitelikli doğal koruma alanlarında yalnızca örtü altı uygulamalar hariç tarım ve kültür balıkçılığı hariç balıkçılık faaliyetleri yapılabilmekte iken dava konusu değişiklik ile bu faaliyetler nitelikli doğal koruma alanlarının bozulmasına ve alanın nitelikli doğal koruma alanı olarak ilan edilmesi amacının anlamsızlaşmasına yol açacak biçimde koruma ilke ve esaslarına aykırı şekilde genişletilmiştir.

Yine Yönetmeliğin 9. maddesinin birinci fıkrasında yer alan sürdürülebilir koruma ve kontrollü kullanım alanları tanımı Dava konusu düzenleme ile “Sürdürülebilir koruma ve kontrollü kullanım alanları; barındırdığı siluet, jeolojik ve ekolojik değerlerin korunması ve geliştirilmesi amacıyla alanın potansiyeli ve kullanım özellikleri göz önünde bulundurularak, kesin korunacak hassas alan ve nitelikli doğal koruma alanlarında izin verilen faaliyetlere ek olarak doğal ve kültürel bakımdan uyumlu düşük yoğunlukta faaliyetler, entegre tesis, turizm ve yerleşimlere izin veren alanlardır.”şeklinde değiştirilmiştir.

Düzenlemelerin iptali istemiyle açılan davada Danıştay 6. Dairesince; ‘…Bu durumda, önemli insan faaliyetleri tarafından etkilenmemiş, kırsal yaşam özellikleri taşıyan, aşırı derecede ve uygunsuz insan kullanımı mevcudiyetinden uzak alanlar olması gereken nitelikli doğal koruma alanlarının söz konusu nitelikleri dikkate alındığında, söz konusu faaliyet türlerinden bazılarının doğrudan doğruya, bazılarının ise belli bir kapasite ve büyüklüğe ulaşması durumunda, bu bölgelerin doğal yapısının bozulmasına yol açacağı, dolayısıyla, Yönetmeliğin 5. maddesinde yer alan, "entegre tesis" ve "doğal göl ve denizler hariç kültür balıkçılığı faaliyetleri", "tıbbi ve aromatik bitki uygulamaları", "hayvancılık", "balıkçı barınağı", "iskele" ve "doğal kaynak suyu kullanımına yönelik uygulamalar" ifadelerinin 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu`na, genel koruma ilkelerine ve Yönetmelik`in 8. maddesinin herhangi bir değişikliğe konu edilmeyen 1.  fıkrasında yer alan "nitelikli doğal koruma alanı" tanımı ile 3. fıkrasında belirtilen, nitelikli doğal koruma alanlarının taşıması gereken kriterlerine uygun olmadığı’;

                Sürdürülebilir koruma ve kontrollü kullanım alanları bakımından ise ‘… Barındırdığı peyzaj, jeolojik ve ekolojik değerler ve doğal kaynaklar nedeniyle korunması gerekli doğal sit alanı özellikleri gösteren sürdürülebilir koruma ve kontrollü kullanım alanlarında entegre tesislere izin verilmesi bu bölgelerin doğal yapısının bozulmasına yol açacağından, dava konusu Yönetmelik`in 6. maddesinde geçen "entegre tesis" ifadesinin, 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu ve koruma ilkelerine aykırı olduğu’       
sonucuna varıldığından bahisle “Dava konusu Yönetmeliğin 5. maddesinde yer alan "entegre tesisler, tıbbi ve aromatik bitki uygulamaları, hayvancılık, balıkçı barınağı, iskele, doğal kaynak suyu kullanımına yönelik uygulamalar, doğal göl ve denizler hariç kültür balıkçılığı faaliyetleri" ifadeleri ile 6. maddesinde yer alan "entegre tesis" ifadesinin YÜRÜTMESİNİN DURDURULMASINA,” diğer düzenlemeler yönünden ise davanın reddine karar verilmiştir.

Yapılan itiraz neticesinde ise Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulunca; “…Daire kararında ise özet olarak alanda sınırları belirlenmeksizin entegre tesis kullanımına izin verilmesinin hukuka uygun olmadığı gerekçesiyle entegre tesis ifadesi yönünden yürütmenin durdurulmasına karar verilmiştir. Ancak söz konusu ibarede yer verilen entegre tesis ifadesi ile örtü altı tarım ifadesinin "ve" bağlacı ile birbirine bağlandığı, bu surette alanda tarım uygulamalarına izin verilmekle birlikte örtü altı tarım uygulamalarının ve tarım uygulamaları kapsamında kurulacak entegre tesislerin izin verilen faaliyetlerden olmadığının düzenlendiği anlaşılmaktadır. Başka bir anlatımla, söz konusu düzenlemede entegre tesisler kurulması yönünden verilen bir izin değil, izin verilen tarım uygulamaları kapsamında entegre tesis kurulmasının yasaklanması söz konusudur.  Bu itibarla söz konusu düzenlemede hukuka aykırılık, aksi yönde verilen Daire kararının belirtilen kısmında ise hukuka uygunluk görülmemiştir.           
                ….Dava konusu Yönetmelik`in 5. maddesinde izin verilebileceği belirtilen, "teknik altyapı uygulamaları" ifadesinden kastın Mekansal Planlar Yapım Yönetmeliği`nde belirtilen teknik altyapı tanımı kapsamındaki uygulamalar olup olmadığı belirtilmediği gibi bu faaliyetlere hangi ölçülerde izin verileceğine ilişkin açık bir düzenlemeye de yer verilmemiştir.         
                Öte yandan teknik altyapı uygulamalarından zorunlu olanların yapılabileceği kurala bağlanmış ise de; nitelikli doğal koruma alanlarının yukarıda yer verilen tanımı ve özellikleri dikkate alındığında "zorunlu teknik altyapı uygulamaları" ifadesinin muğlak bir ifade olduğu, belirsizlik yarattığı ve açıklığa kavuşturulması gerektiği sonucuna ulaşılmaktadır.” gerekçesi ile Danıştay Altıncı Daire kararının, dava konusu Yönetmelik`in 5. maddesinde yer alan "entegre tesisler" ifadesine yönelik yürütmenin durdurulması isteminin kabulüne ilişkin kısmının kaldırılmasına, yürütmenin durdurulması isteminin reddine, dava konusu Yönetmelik`in 5. maddesinde yer alan "zorunlu teknik altyapı uygulamaları" ifadesine yönelik yürütmenin durdurulması isteminin reddine ilişkin kısmının kaldırılmasına, anılan ifadenin YÜRÜTMESİNİN DURDURULMASINA karar verilmiştir.